膜污染是在MBR膜反應器操作過程中添加膜阻力的一系列要素的總稱。MBR膜反應器運轉一段時間后，膜外表和膜孔將不可避免地被污染物阻塞，導致膜通量開端逐步下降，直到不再發生水。膜污染縮短了MBR膜反應器的慣例運用的壽數，直接導致泵壓頭和泵曝氣的添加，這也是MBR膜反應器能耗添加的主要原因。
　　為了保持膜體系的長時間正常運轉，當橫模壓差升高到某些特定的程度時，一定要清洗膜組件。膜清洗的意圖是從膜外表去除污染層，康復或進步膜的水通量。
　　物理清洗：MBR膜反應器物理清洗主要是經過停止水的發生來去除膜體系中的水，使沉積在膜外表的污染物在氣體和水的剪切力下以高的穿插流速被去除，然后取得膜星。康復程度。實驗結果表明，平板膜組件露出于空氣后，通星的收回作用優于中空纖維簾膜。
　　化學清洗：因為實踐水體中的污染物主要是有機物，所以選用次氯酸鈉溶液作為清洗液，酸堿度約為10-11。清洗辦法，裝備300 ~ 500毫克：L-1次氯酸鈉溶液，調理酸堿度，浸泡膜組件10小時，從頭運轉，同心收回率在90%以上。